Misionaris Katolik pertama tiba di Merauke pada awal abad ke-20, sekitar tahun 1905. Mereka berasal dari ordo Misionaris Hati Kudus Yesus (Missionarii Sacratissimi Cordis, MSC). Rombongan pertama MSC yang tiba di Merauke tanggal 14 Agustus 1905 adalah Pastor Henri Nollen MSC, Pastor Philipus Braun MSC, Bruder Andrian van Roesel MSC dan Bruder Melchior Oomen MSC. Mereka mendirikan gereja kecil di Kampung Wendu di pesisir pantai lalu berpindah ke Kampung Buti.
Pada tahun 1922, Paroki St. Fransiskus Xaverius Merauke resmi didirikan. Nama paroki diambil dari St. Fransiskus Xaverius, seorang misionaris besar dari abad ke-16 yang dikenal karena karyanya dalam menyebarkan agama Katolik di Asia. Paroki ini menjadi salah satu paroki pertama di wilayah Papua, menandai tonggak penting dalam sejarah perkembangan gereja Katolik di Indonesia bagian timur.Pada tahun 1966, status Paroki St. Fransiskus Xaverius Merauke ditingkatkan menjadi pusat dari Keuskupan Agung Merauke yaitu Katedral Merauke. Keuskupan ini mencakup wilayah yang sangat luas di Papua, termasuk beberapa paroki dan stasi misi lainnya. Dengan status baru ini, Katedral Merauke menjadi pusat administrasi dan kegiatan keuskupan.
Paroki Katedral Merauke saat ini dipimpin oleh Seorang Pastor Paroki yaitu Reverendus Pater Hendrikus Kariwop, MSC. Paroki Katedral terletak di Jalan Raya Mandala No. 30, Merauke, Papua Selatan. Jumlah umat paroki diperkirakan 5.588 jiwa berdasarkan data statistik keuskupan agung Merauke tahun 2024.Luas wilayah paroki Katedral yang cukup besar terbagi menjadi 6 Wilayah Kecil, yaitu St. Hermanus, St. Jakobus, St. Nicholas, St. Philipus, St. Petrus, dan St. Benediktus. Masing-masing wilayah kecil ini kemudian dibagi lagi menjadi 18 Lingkungan atau Basis Doa, yaitu Santo Paulus, Santa Anna, Santa Bernadetha, Santo Yoseph, Ratu Rosario Bunda Allah (RRBA), Ratu Rosari Semesta Alam (RRSA), Santo Kornelis, Santo Agustinus, Santo Marselino, Santa Agnes, Eusebius Damianus, Santo Petrus, Regina Pacis, Stella Maris, Santo Hermanus, Santo Don Bosco, Santo Anthonius, dan St. Fransiskus Xaverius. Pembagian wilayah ini bertujuan untuk memudahkan pelayanan kepada umat dan memastikan semua jemaat terlayani dengan baik.
“Menjadi Gereja Lokal yang Mandiri, Partisipatif dan Mengutamakan Persaudaraan”
Paroki St. Fransiskus Xaverius memiliki 18 lingkungan atau basis doa yang tersebar di seluruh wilayah pelayanan. Setiap lingkungan berperan sebagai komunitas dasar umat untuk membangun iman, kebersamaan, dan pelayanan.